海淀区精神卫生防治院前身为海淀区精神卫生保健所，于1988年成立，1991年与青龙桥医院合并，1998年通过二级精神病专科医院评审。海淀区精神卫生防治院于2008年5月8日由海淀区青龙桥地区迁至海淀区苏家坨地区，2008年7月与青龙桥医院剥离。


北京市海淀区精神卫生防治院是海淀区唯一一所政府领导下的精神卫生二级专科医院，是北京市医保定点医院。同时医院还承担海淀区区属及驻区医疗机构精防医生的业务培训、指导，社区精神病人管理、防治、康复、免费服药等工作，是海淀区社区精防医生教学基地、区残联指定精神残疾鉴定医院。


医院于2008年迁入新址后，由原来的一个精神科病区扩大为四个精神科病区，并设立独立的精神康复科。精神科床位由原来的70张增长为260张，建筑面积12000平方米，职工160余人。近年来医院发展迅速，并得到上级卫生机构的大力支持与肯定，与北大六院、意大利爱心服务协会等多方合作。在促进医院建设的同时，探索开放病房，促进康复方面开展了多种新项目。


2011年10月18日，经北京市海淀区机构编制主管部门批准，“北京市海淀区精神卫生防治指导中心”正式成立，将承担全海淀区精神病的预防、治疗、康复、健康教育以及对健康人群的心理行为问题的干预；作为精神疾病防治网络的一级，承担市卫生主管部门、市精保所要求的各项精防工作；与残联合作开展精神残疾人免费服药工作；与民政主管部门合作开展老年精神病人的社区居家养老；配合公安主管部门协调管理强制治疗和落实精神病突发的应急处置；与区教育主管部门合作开展精神卫生进校园活动；同时作为“海淀区精神病防治康复技术指导中心”，承担着全区精神病人、社区、单位、家庭进行精神病防治康复技术指导和人员培训。在社区广泛开展康复活动，建立25个康复活动站，形成覆盖全辖区的康复活动网络，并在今年11月获得“第十三届中华医学会精神病学分会——礼来精神分裂症回归社会杰出贡献奖”。